Les systèmes d'eau industrielle représentent souvent un lieu idéal pour la croissance et la multiplication des micro-organismes, en raison notamment de la présence de nutriments, de températures favorables, d'un temps de séjour élevé et du rapport entre la surface et le volume du système. 

Dans ces conditions, une forte prolifération bactérienne peut conduire au développement d'un biofilm et à des problèmes subséquents tels que la diminution de la performance du système et la détérioration des matériaux par la corrosion (MIC). En outre, les biofilms bactériens qui s'accumulent à la surface peuvent réduire de manière significative le transfert de chaleur et augmenter la résistance au frottement dans les tubes. Les biofilms sur les parois des tuyaux peuvent également causer de graves problèmes sanitaires dans les systèmes d'eau, car ils constituent un habitat pour les micro-organismes pathogènes (comme le Legionella pneumophila qui se propage par les aérosols et provoque la maladie du légionnaire).

Par conséquent, un traitement avec des biocides, par exemple dans les systèmes de refroidissement, les usines de papier et de pâte à papier, est souvent essentiel. Les programmes de traitement doivent réduire de manière significative la teneur en bactéries (TBC) de l'eau et contrôler la formation de biofilms. Les aspects relatifs à la minimisation des impacts négatifs sur le système et la compatibilité environnementale, tels que les AOX, la DCO, la dégradabilité, la teneur en azote et en phosphore, doivent être pris en compte.