Os sistemas de água industriais representam frequentemente um local ideal para o crescimento e multiplicação de microrganismos, devido, por exemplo, à presença de nutrientes, temperaturas favoráveis, tempo de residência elevado e rácio entre a área de superfície e o volume do sistema. 

Nestas condições, uma elevada proliferação bacteriana pode levar ao desenvolvimento de biofilmes e a problemas subsequentes, como a diminuição do desempenho do sistema e danos materiais por corrosão (MIC). Além disso, os biofilmes bacterianos que se acumulam na superfície podem reduzir significativamente a transferência de calor e aumentar a resistência à fricção nos tubos. Os biofilmes nas paredes dos tubos podem também causar graves problemas sanitários nos sistemas de água, uma vez que proporcionam um habitat para microrganismos patogénicos (como Legionella pneumophila que se propaga através de aerossóis e causa a doença do legionário).

Consequentemente, é muitas vezes essencial um tratamento com biocidas, por exemplo, em sistemas de arrefecimento, fábricas de papel e de pasta de papel. Os programas de tratamento têm de reduzir significativamente o teor bacteriano (TBC) na água e controlar a formação de biofilme. Devem ser tidos em conta aspectos que minimizem os impactos negativos no sistema e a compatibilidade ambiental, tais como AOX, COD, degradabilidade, teor de azoto e fósforo.