Průmyslové vodní systémy často představují ideální místo pro růst a množení mikroorganismů, např. díky přítomnosti živin, příznivým teplotám, vysoké době zdržení a poměru plochy povrchu k objemu systému. 

Za těchto podmínek může vysoké množení bakterií vést k rozvoji biofilmu a následným problémům, jako je snížení výkonu systému a poškození materiálu korozí (MIC). Kromě toho mohou bakteriální biofilmy hromadící se na povrchu výrazně snížit přenos tepla a zvýšit třecí odpor v trubkách. Biofilmy na stěnách potrubí mohou také způsobit vážné hygienické problémy ve vodovodních systémech, protože poskytují prostředí pro patogenní mikroorganismy (jako např. Legionella pneumophila který se šíří aerosoly a způsobuje legionářskou nemoc).

V důsledku toho je často nezbytné ošetření biocidními přípravky, např. v chladicích systémech, papírnách a celulózkách. Programy ošetření musí výrazně snížit obsah bakterií (TBC) ve vodě a kontrolovat tvorbu biofilmu. Je třeba zohlednit aspekty minimalizace negativních dopadů na systém a slučitelnost s životním prostředím, jako jsou AOX, CHSK, rozložitelnost, obsah dusíku a fosforu.